В период эвакуации в Уфе в 1941-1944 гг. приходилось обеспечивать работу архива небольшим числом сотрудников. Штат ЦПА по сравнению с 1941 г. сократился в 10 раз, но объем задач остался по существу прежним, как можно видеть из плана на конец 1941 г.: архив продолжал участвовать в научных публикациях ИМЭЛа, отвечать на запросы, заниматься научным описанием документов. Для этой работы, кроме сотрудников ЦПА, привлекались также сотрудники секторов ИМЭЛ.

В первое время после эвакуации главной задачей было организовать размещение документов в предоставленном помещении в подвале здания СНК Башкирской АССР. Подвал для хранения архивных документов не был приспособлен, там было большое количество крыс, для борьбы с которыми даже созывалось специальное совещание с участием специалистов-дератизаторов. Размещением документов в подвале также занимались сотрудники архива, на тот момент в женщины, и пожилые сотрудники и сотрудницы, под руководством П.Н. Караваева и В.А. Радус-Зеньковича. Жизнь в Уфе и работу архива в эвакуации красочно описывает в своих воспоминаниях Н.Н. Суровцева, сотрудница ЦПА в 1938-1944 гг.

После размещения документов в Уфе начинается работа архива по планам военного времени. Приоритетом становится помощь сотрудникам секторов ИМЭЛ в подготовке публикаций в соответствии с новыми задачами: сборников произведений К. Маркса, Ф. Энгельса, В.И. Ленина и И.В. Сталина по военным вопросам, брошюр на военную тематику и очередных томов 4-го издания сочинений В.И. Ленина и собрания сочинений И.В. Сталина. За годы войны ИМЭЛ подготовил два сборника документов К. Маркса и Ф. Энгельса, два издания краткой биографии В.И. Ленина, выпустил два Ленинских сборника, работал над краткой биографией И.В. Сталина. Работа над 4-м изданием собрания сочинений Ленина продолжалась, но оно возобновилось только после войны.

Период конца 1941 г. - начала 1942 г. это «темная страница» в истории ЦПА военного времени, потому что тогда проводилась работа по выделению документов к уничтожению, или, как тогда говорили, «выделению макулатуры». Ответственным за эту работу был заместитель директора ИМЭЛ А.Д. Макаров. Выделением «макулатуры» занималась специально сформированная комиссия, главным образом, к уничтожению были отобраны документы Д.Б. Рязанова, Г.Е. Зиновьева, Л.Б. Каменева и др. «врагов народа». Сохранились списки выделенных к уничтожению материалов, однако, если сравнить их с современными описями соответствующих фондов в РГАСПИ, там можно найти выделенные тогда к уничтожению документы. Произошло это в результате разногласий Макарова с заведующей ЦПА А.Ф. Платоновой, которая не давала ему просматривать подлинники, а все отобранные ею лично и П.Н. Караваевым к уничтожению документы уничтожать не стала, а заперла в сейф (см. ее докладную записку В.С. Кружкову от 21 июля 1944 г. в следующем разделе).

Отдельная страница в военной истории ЦПА - это работа «особой группы» ИМЭЛ в 1941-1944 гг., которая занималась переводами и составлениями сводок трофейных немецких документов для 7 отдела Главного политического управления РККА. Группа размещалась с 1942 г. в Москве, в здании ЦПА на Советской площади. Из числа сотрудников ЦПА в ней были выпускница истфака МГУ И.М. Синельникова, пришедшая на работу в ИМЭЛ в 1941 г., и старые сотрудницы ЦПА Н.И. Непомнящая и Л.С. Владимирская. Небольшая часть этих сводок отложилась в Ф. 71 (Институт марксизма-ленинизма при ЦК КПСС) РГАСПИ с предисловием И.М. Синельниковой. О работе «особой группы» в Москве она рассказывает в своих воспоминаниях.

В 1943 г. после ликвидации Коминтерна ЦПА принимает архив этой организации, который по объему, как утверждала А.Ф. Платонова, был сопоставим со всеми хранившимися на тот момент в архиве документами. Вместе с документами в ЦПА перешли на работу сотрудницы архива Коминтерна А.М. Зингер и Н.И. Шилова. С архивом Коминтерна было связано много проблем: не хватало помещений, не было сотрудников, знающих иностранных языки, не хватало кадров для научного описания документов. В том числе по этой причине архив Коминтерна был затем возвращен в ЦК ВКП(б) и окончательно был передан в ЦПА только в конце 1950-х гг. (другая причина - необходимость продолжения работы с ним в ЦК).

В мае 1944 г. происходит смена руководства ИМЭЛ, вместо М.Б. Митина директором был назначен В.С. Кружков. После снятия с должности Митин был подвергнут резкой критике на партийном собрании ИМЭЛ, протокол которого отложился в Центральном государственном архиве (ЦГА) г. Москвы. Митина критиковали в том числе за публикацию Ленинских сборников: как за допущенные при публикации «политические ошибки», так и за плохую организацию работы в целом, из-за чего срывались сроки и намеченные публикации не выходили в свет. Кроме того, среди предъявленных к нему претензий было и то, что он «распустил основные научные кадры уже в самом начале войны», и потом их приходилось собирать с большим трудом. Из-за снятия Митина тираж XXXV Ленинского сборника был уничтожен, и сборник вышел только после войны после переработки.