С началом Великой Отечественной войны 22 июня 1941 г. все планы мирного времени пришлось отложить. Как вспоминает И.В. Кутейников, работавший в архиве с 1939 г., в понедельник 23 июня он пришел на работу в здание на Советской площади, зашел сразу в дирекцию и находившиеся там старые большевики, А.Ф. Платонова, П.Н. Караваев и хранитель фондов А.Х. Митрофанов напутствовали его перед отправкой на фронт. Вскоре Кутейников ушел в РККА и вернулся в архив только в декабре 1945 г.

Руководство ИМЭЛ и ЦПА в тот же день, 23 июня, утвердило планы мероприятий по охране документов архива и зданий института, приказом директора института М.Б. Митина была создана группа самозащиты ИМЭЛ, которая боролась с последствиями бомбардировок.

Одновременно началась подготовка к эвакуации ИМЭЛ и его архива. В письме в СНК СССР 3 июля 1941 г. М.Б. Митин предлагал эвакуировать документы и музейные предметы ЦПА и Музея В.И. Ленина в Уфу, Чкалов или Омск. Уже 5 июля было принято постановление СНК СССР и ЦК ВКП(б) об эвакуации архивов ЦК ВКП(б), Комитета партийного контроля (КПК) ВКП(б), СНК СССР, Комитета обороны при СНК СССР, НКИД СССР, Коминтерна и ИМЭЛ, а также их сотрудников в Уфу. В проекте этого документа, который хранится в Государственном архиве Российской Федерации (ГА РФ), сначала написано «Куйбышев» и потом исправлено на «Уфу».

Первый состав с важнейшими документами ЦПА отправился из Москвы в Уфу 7 июля вместе с сотрудниками архива, в т.ч. заведующей А.Ф. Платоновой и ее заместителем П.Н. Караваевым. Хотя в постановлении СНК СССР и ЦК ВКП(б) эвакуацию предполагалось закончить в пятидневный срок, в действительности эвакуация архива ИМЭЛ продолжалась до октября 1941 г.

Из сотрудников-мужчин ЦПА в РККА в июле 1941 г. были мобилизованы 8 человек, из них 4 погибли на фронте, и только И.В. Кутейников после войны вернулся на работу в архив. Список мобилизованных, отложившийся в Ф. 71 (Институт марксизма-ленинизма при ЦК КПСС) в Российском государственном архиве социально-политической истории (РГАСПИ), неполон. В нем 8 человек, включая подписавшего список и.о. заведующего А.В. Овчинникова, вскоре тоже мобилизованного, и нет например К.В. Кукина, который в это время уже учился на военного летчика в аэроклубе, но еще не был призван в армию.

Кроме мобилизованных, штат архива сильно сократился за счет увольнения других сотрудников. Сам директор ИМЭЛ М.Б. Митин в письме на имя И.В. Сталина от 9 июля 1941 г. докладывал об эвакуации «архивных ценностей» ИМЭЛ в Уфу и выражал желание отправиться на фронт.

Подвигина Елена Прокофьевна (1917-?). В ИМЭЛ с 1939 г. в секторе К. Маркса и Ф. Энгельса. В 1941 г. в группе самозащиты ИМЭЛ. Уволена по сокращению штатов, в 1941-1942 гг. работала санитаркой и медсестрой в эвакогоспитале №3767 в Уфе. В 1942-1950 гг. снова в секторе произведений К. Маркса и Ф. Энгельса ИМЭЛ. В период эвакуации в Уфе в 1942-1944 гг. временно работала в ЦПА, принимала участие в реэвакуации ИМЭЛ в Москву. В 1950-1963 гг. сотрудник ЦПА, затем в отделе истории КПСС ИМЛ. В послевоенное время участвовала в обработке документов фондов В.И. Ленина в ЦПА. На пенсии с 1974 г. Награждена орденом «Знак Почета» и медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне». Фотография 1945 г.
РГАСПИ. Ф. 71. Оп. 21. Д. 1969. Л. 14.
Стешова Мария Васильевна (1899-?). В ИМЭЛ с 1939 г., в 1941 г. в группе самозащиты ИМЭЛ. Уволена по сокращению штатов, с 1943 г. снова в ИМЭЛ в секторе произведений И.В. Сталина. Участвовала в подготовке 4-го издания сочинений В.И. Ленина. В годы войны была секретарем партийного бюро ИМЭЛ. С 1949 г. в ЦПА, зав. секцией документов В.И. Ленина. На пенсии с 1960 г. Награждена медалями «За оборону Москвы» и «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.». Фотография 1933 г.
РГАСПИ. Ф. 71. Оп. 21. Д. 1203. Л. 1.